本实用新型提供了一种便携式荧光检测仪，涉及荧光检测设备的技术领域，主要解决了现有技术荧光检测仪激发光路和发射光路长、通光效率不高、测试速度慢、灵敏度较低等技术问题。该荧光检测仪包括微型光谱仪、样品仓和单色光激发单元，样品仓用于放置测试样品。样品仓包括第一光路通道和第二光路通道，第一光路通道与第二光路通道相互垂直，且第一光路通道与单色光激发单元连接，第二光路通道与微型光谱仪连接。样品仓的第一光路通道与第二光路通道垂直，使第二光路通道获得低杂散光干扰的背景。第一光路通道与单色光激发单元连接缩短了激发光路。第二光路通道与微型光谱仪连接缩短了发射光路，进而确保提高通光效率和设备的灵敏度。