本实用新型涉及核电站智能仓储领域，公开了一种核电站多仓库管理系统，包括传送设备、主仓库和若干附属仓库；主仓库和任意一个附属仓库之间的距离小于第一预设距离；主仓库与附属仓库之间设置有用于供传送设备在各主仓库和各附属仓库之间传送备件的传送通道；主仓库中设有第一控制终端，附属仓库中设有与第一控制终端通信连接的第二控制终端；主仓库的库容量大于任意一个附属仓库的库容量；主仓库中设有用于存储高周转率备件的高周转仓位以及用于存储非高周转率备件的非高周转仓位；在非大修周期内，高周转仓位中存储的高周转率备件占主仓库的备件库存量的70％以上。本实用新型可以降低核电站仓库的建设成本和运营成本。