一种便携式全自动农残检测系统和便携式全自动农残检测仪。所述便携式全自动农残检测系统包括：微控制器，用于对检测数据进行处理以及对检测操作进行控制；紫外光发生器，用于产生检测用紫外光；紫外光强度探测器，用于探测所述检测用紫外光经过样品芯片后的强度，并用于将相应强度的紫外光信号转为第一电信号；信号处理组件，用于处理所述第一电信号，所述第一电信号对应于检测结果；激光发生器，用于产生定位激光；激光强度探测器，用于探测所述定位激光经过定位转盘和所述样品芯片后的强度，并用于将相应强度的激光信号转为第二电信号，所述第二电信号对应于定位结果。所述便携式全自动农残检测系统能够提高检测的自动化程度，提高检测效率。