本实用新型公开一种蛋白高效纯化装置，包括第一上样装置、第二上样装置、第一层析装置、第二层析装置、第一收集装置和第二收集装置，第一上样装置、第一层析装置和第一收集装置通过导管依次连通，第二上样装置、第二层析装置和第二收集装置通过导管依次连通，第一上样装置通过导管与蠕动泵连接，第二上样装置通过导管与蠕动泵连接。本实用新型将蛋白纯化上样的速度精确的控制在0.5‑1.0ml/min，用于蛋白纯化，实现在不改变层析柱的高度条件下提高分离度，也解决了现有层析柱的拖尾出象，提高了分辩力，实现更为精确的分离效果，还可用于进行蛋白纯化的重复试验以及用于多个项目同时纯化，从而节约时间和人工成本。