本实用新型公开了一种利用气流清洁的医疗器械除尘设备，包括底座、第一风机、第二风机和箱门，所述底座的上方焊接连接有箱体，且箱体的右侧设置有第一风机，所述第一风机的顶端设置有第一进风管，且第一风机的底端设置有第一出风管，所述连接杆的上方设置有放置盒，所述箱门铰接连接于箱体的前侧。该利用气流清洁的医疗器械除尘设备，箱体的右侧设置有第一风机，且第一风机底部的第一出风管伸入箱体内部，并且第一出风管和连接管相连接，同时连接管上安装有排风管，排风管和放置盒交错设置，这样可以使外部气流进入箱体内部，对存放有器械的放置盒进行吹风，从而可以对器械进行除尘，加快器械的除尘进度，减轻工作人员的工作量。