本申请涉及一种医院废水自动处理系统，涉及废水处理的技术领域，其包括沉淀池，还包括与所述沉淀池相通的污泥池，所述污泥池内设置有挡板，所述挡板将所述污泥池分为第一反应室以及第二反应室，所述第一反应室以及所述第二反应室内分别设置有消毒组件以及脱水组件，所述挡板上开设有连通孔，所述挡板上设置有用于打开或者关闭所述连通孔的隔断门，所述挡板上还设置有用于控制所述隔断门开闭的驱动件，所述第一反应室内设置有检测井，所述检测井内设置有检测仪，所述检测仪与所述驱动件电性连接。本申请能够对沉淀池中沉积的污泥进行处理，减少二次污染发生的可能性。