本申请是关于一种废水自动处理系统及其处理方法，依次连通的格栅井、厌氧调节池、破乳混凝沉淀池、厌氧池、缺氧池、好氧池、二次沉淀池、BFA生物滤池、清水消毒池。采用粗细格栅井对较大颗粒悬浮物进行初步去除后，再结合破乳混凝沉淀化学处理、厌氧降解、缺氧反硝化，好氧接触氧化、BAF生物过滤等一系列处理方式依次分布组合，最后进入清水池消毒处理后即可。该处理系统及方法充分研究了化妆品废水中所含有的有机物、重金属等有害物质的特点，充分发挥了各种处理方式的优点，同时通过对厌氧调节池液位，加药装置的液位，曝气时间的控制等自动控制系统的设置，实现了连续、稳定、高效的循环处理过程。