本实用新型公开了高效药物混合系统，包括机体、安装在机体底部的底座和安装在底座底部的支撑柱，所述机体的顶端安装有第一驱动电机，且第一驱动电机的底部传动连接有第一转杆，并且第一转杆的底部固定连接有安装柱，所述安装柱的左右两侧对称安装有搅拌杆，所述机体的底部安装有第二驱动电机，且第二驱动电机的顶部传动连接有第二转杆。本实用新型中，首先，采用一体式自动加工结构，既起到加工药物的效果，也起到包装药物的效果，这样不仅提高了药物混合系统操作的便捷性，也降低了药物混合系统的使用效果，其次，采用自动清理结构，不仅提高了药物混合系统清理的便捷性，也提高了药物混合系统使用的效果。