本实用新型公开了一种灌装装置杀菌系统，所述灌装装置包括灌装料桶，所述杀菌系统包括设在灌装料桶上的用于向灌装料桶内进气的进气管、设在灌装料桶上的用于连通灌装料桶与外界的排气管、以及用于产生高温蒸汽的蒸汽发生装置；进气管与蒸汽发生装置连通，进气管中设置有进气阀门，排气管中设置有排气阀门，其中，在需要对灌装装置进行杀菌时，所述进气阀门打开、排气阀门关闭，由蒸汽发生装置向灌装料桶内通入高温蒸汽以对灌装装置进行高温灭菌。本实用新型以高温蒸汽消毒的杀菌方式对灌装装置进行杀菌，利用了高温蒸汽消毒具有安全、环保、穿透力强、传导快、无死角的优点，来提升对灌装装置的杀菌效果，进而使得灌装装置能够更加符合无菌要求。