本实用新型公开了一种基于微波辐射的污水处理系统，包括箱体，所述箱体侧壁上端开设有进料口，所述箱体侧壁下端开设有排污口，所述箱体上端中心位置固定连接有固定框，所述固定框内固定安装有电机，所述箱体内部设置有用于使添加剂与污水充分混合便于利用微波辐射对污水进行处理的微波搅拌机构，所述箱体内设置有用于使箱体内的污水上下对流便于污水充分处理的对流机构，本实用新型设置有微波搅拌机构，利用微波管对污水进行处理，同时利用挡板搅动污水使污水与添加剂充分混合，且避免微波管之间相互影响，本实用新型还设置有对流机构，利用第二叶片的转动方向与第一叶片的转动方向相反，使箱体的污水上下对流，便于污水的微波处理。