本实用新型公开了一种用于肝素钠加工的除菌过滤器，包括除菌槽、过滤室和移动组件，所述除菌槽的顶部固定设置有固定管，所述固定管的顶部活动设置有进料组件，所述除菌槽的底部活动设置有过滤室，所述过滤室表面的两侧皆通过铰链活动安装有门体，所述门体的一端皆固定设置有密封圈，所述过滤室的两侧皆固定安装有排料阀。本实用新型通过在固定管的顶部活动设置有进料组件，能够利用插槽余固定管进行活动连接，接着利用进料槽加注肝素钠液体，拆装简单，便于工作人员进行上料工作，接着利用引导板对肝素钠液体进行引导，然后利用连接头与外接管道进行活动连接，接着利用连接管将蒸汽导入除菌槽的内部，从而对肝素钠液体进行除菌工作。