本实用新型公开了手术导航系统及其电磁定位器。手术导航系统包括：磁场发生器，用于产生电磁场；多个电磁定位器，固定于目标对象上，电磁定位器用于在电磁场下产生感应电流或感应电压；控制器，用于获取对固定有多个电磁定位器的目标对象进行拍摄得到的医学图像，并根据医学图像中各个电磁定位器所处的第一位置坐标、拍摄医学图像时各个电磁定位器的位姿确定医学图像的图像坐标系与各个电磁定位器的定位器坐标系之间的转换矩阵，电磁定位器的位姿基于电磁定位器在电磁场下产生的感应电流或感应电压确定；控制器还用于获取电磁定位器的实时位姿，根据转换矩阵将实时位姿与医学图像进行融合并显示融合结果，实现手术导航。