本实用新型公开了一种肝素钠生产用除蛋白装置，包括装置主体、转杆、搅拌叶、透明测量筒和环形管，所述装置主体的内部设置有转杆，且转杆位置处的装置主体顶端安装有电机，并且电机的输出端通过联轴器安装有转轴，转轴的底端延伸至装置主体的内部并与转杆的顶端固定连接，所述电机一侧的装置主体顶端固定有进料管，且电机另一侧的装置主体顶端固定有透明测量筒，所述装置主体底部的外壁上固定有分离管，且分离管的内部安装有手动阀，所述装置主体底端的拐角位置处皆固定有支脚，且装置主体一侧的外壁上镶嵌有观察窗。本实用新型不仅提高了除蛋白的充分性，实现了对沉淀剂添加量的控制功能，而且提高了除蛋白操作的精准性。