本实用新型提供了新冠肺炎电喷雾萃取电离质谱检测系统，涉及医学检测技术领域，以解决现有技术中存在的对新冠肺炎检测采用核酸检测操作复杂、检测时间长、检测成本较高的技术问题，该装置包括隔离仓、与隔离仓连接的检测装置，其中：隔离仓包括仓体，仓体的一侧设有仓门，仓体的内部设置气体传输通道；检测装置包括封闭式消杀气体检测离子源和与封闭式消杀气体检测离子源相连接的质谱仪；气体传输通道的一端位于仓体内，并且连接气体输入端，气体传输通道的另一端位于仓体的外部，并且通入封闭式消杀气体检测离子源；质谱仪连接终端处理设备，本实用新型检测快速、操作简单且安全可靠。