本实用新型属于分离膜清洗技术领域，具体公开了一种疫苗分离膜清洗设备，包括升降机构和清洗箱，所述清洗箱设置在升降机构的下方，所述清洗箱内部固定连接有隔板，所述清洗箱通过隔板设置有药水槽、超声波槽和清水槽，所述清洗箱的一侧的底部固定安装有转盘，所述转盘的一侧固定安装有搅拌杆，所述转盘的另一侧固定连接有电机。该疫苗分离膜清洗设备，与现有的普通分离膜清洗设备相比，通过电机带动转盘上的搅拌杆跟着一起旋转，搅拌药水箱里的超滤清洗液，使得粘附在分离膜上的污染物更充分的与超滤清洗液反应，通过启动二号水泵，清洗水被重新抽取回水箱，在回流过程中经过过滤器过滤掉分离膜上冲洗下来的污染物。