本实用新型公开了一种废水微生物土壤净化系统，包括梯度布置的缓存池、连通池和土壤生态处理池，缓存池顶侧连入污水管，底侧通过排放管连入连通池顶侧，且排放管上安装有电控阀；土壤生态处理池从上之下依次包括土壤层、隔离层、厌氧生物处理层、缓渗层和汇流层，土壤层种植有挺水植物，汇流层设置有排水管；缓存池底侧设置有连通管连接厌氧生物处理层底侧，且在连通池侧壁对应厌氧生物处理层顶层和中层分别设置有与控制器连接的饱和水位传感器和最低水位传感器，控制器连接电控阀。本实用新型可使水位始终处于一个最优的区间，采用间断性的补水，避免频繁启用电力设施，隔离层可避免污水反溢，而缓渗层可以起到过滤和增加污水停留时间的作用。