本实用新型公开了一种生物磁珠清洗装置，包括框体、主轴和出水口，所述框体底部安装有伺服电机，且伺服电机的输出端通过联轴器与主轴相连接，并且主轴左侧固定有连接杆，而且连接杆左侧安装有第一毛刷，所述主轴左右外侧键连接有链轮，且链轮左右内部均键连接有往复丝杆，并且往复丝杆外侧螺纹连接有活动板，所述框体内部螺钉连接有内框，且框体上方设置有盖板，并且盖板底端螺钉安装有电磁铁，而且框体左侧上方安装有进水口。该生物磁珠清洗装置安装有连接杆，通过连接杆旋转能有效的使得框体内部的水和磁珠螺旋式的旋转，从而使得水能有效的将磁珠清洗干净，此结构避免了连接杆触碰到磁珠而导致了磁珠外侧受到刮痕。