本发明提供了一种磁珠清洗分离装置，涉及医疗器械技术领域；其包括基座、磁吸机构、承载机构、清洗机构和混匀机构；磁吸机构安装于基座上；承载机构包括承载转盘和第一驱动组件，承载转盘套装于磁吸机构外；清洗机构位于承载机构上方；混匀机构位于基座下方，混匀机构包括夹持旋转组件、第二驱动组件和第一升降组件。本发明将混匀机构设置在基座下方，不占用清洗分离装置横向空间，使得整个装置更加紧凑，进而能够降低整个检测设备的占用空间；然后利用第一升降组件和第二驱动组件带动夹持旋转组件带动反应杯正反转，不仅结构简单，而且对于完成磁珠吸附分离以及废液吸取的反应杯，能够起到良好的高速离心混匀效果，提高后续检测的准确度。