本实用新型提供的一种抗颠振分子泵系统，属于分子泵技术领域，包括：机组底板；分子泵，连接在机组底板的顶面上；前级泵，连接在机组底板的顶面上，并通过管路与所述分子泵的排气口处连通；控制器，连接在机组底板的顶面上，并分别与分子泵、前级泵电连接；减振器，一端连接在机组底板的底面上，另一端适于固定。本实用新型的分子泵、前级泵以及控制器全部集成在机组底板上，使得整体结构紧凑且安装方便；机组底板的底面设置有减振器，能有效地吸收消除其它设备对分子泵系统的振动影响，保障了分子泵系统的性能和使用寿命。