本实用新型提供一种液相色谱分离烟草高低丰度蛋白的分离装置及分析系统。该装置包括第一维色谱单元、第二维色谱单元和馏分收集器；所述第一维色谱单元包括第一泵、至少6个接口的第一多通阀、第一色谱柱、第一检测器和至少4个接口的第二多通阀；所述第二维色谱单元包括第二泵、至少三个接口的第三多通阀、至少2个通道的分流器、至少2个捕集柱的捕集柱阵列、至少2个分流阀的分流阀阵列和至少2个第二色谱柱的第二色谱柱阵列。该分析系统包括该分离装置、蛋白含量测定单元、高丰度蛋白MS分析单元、和低丰度蛋白LC‑MS分析单元。该分离装置及分析系统能够快速高效地分离及分析鉴定烟草高丰度和低丰度蛋白。