本实用新型提供一种多层次的健康住区防疫系统，属于防疫领域。本实用新型包括设置于小区入口区域的第一防疫层、设置在楼栋区域的第二防疫层、设置于电梯区域的第三防疫层和控制器，所述第一防疫层、第二防疫层、第三防疫层分别与控制器相连，第一防疫层包括第一身份识别模块、自动测温模块，第二防疫层包括第二身份识别模块，第三防疫层包括无接触电梯操作系统和自动消毒系统。本实用新型的有益效果为：能够实现小区居民以无触碰方式从小区门口直达户内，极大的降低传染风险，提高小区健康系数，同时还可以避免非小区人员或者体温异常人员进入，提高小区的安全系数。