本实用新型公开一种基板轨道自动调节装置，包括设于机架两个平行的轨道输送机构，在两轨道输送机构与机架之间设有使两轨道输送机构同步在水平方向上相向移动或相反移动的自动调节机构，以及协调自动调节机构和轨道输送机构工作的控制器。调节宽度时，通过控制器将自动调节机构上的调宽感应组件调整到设定宽度后，再由控制器控制调节步进电机工作，并通过调节齿轮与两轨道架连接的齿条配合，使得两个轨道架同步移动，当移动到设置的宽度后，由调宽感应组件向控制器反馈相应信号，从而控制调节步进电机停止，实现自动调节。由于可以自动进行调节，因而可以提高调节效率，同时有效节约空间，降低调节难度，该装置结构简单紧凑。