本实用新型公开了一种微生物对比分区培养装置，包括箱体、第一培养室、第二培养室、动力腔体和控制面板，所述箱体内部的一侧设有动力腔体，且动力腔体一侧的箱体底部设有第一培养室，并且第一培养室上方的箱体内部设有第二培养室，所述第一培养室与第二培养室内部的一端皆设有承载架，且承载架的底部固定有等间距的间隔板，第一培养室顶部的中心位置处安装有加热器，第二培养室顶部的中心位置处安装有制冷器，所述箱体表面的一侧安装有两组密封门，且密封门表面的一侧设有透明观察窗。本实用新型不仅提高了培养装置使用时的培养效果，确保了培养装置使用时承载架顶部所放置微生物的活跃性，而且确保了培养装置使用时箱体的完整性。