本申请公开了一种AFM样品表面清洗装置，包括放置在地面上的支腿，支腿的顶部固定设置有底板，底板顶部的一侧分别设置有喷水管，以及吹风机，底板上滑动安装有立柱，立柱的顶部朝向喷水管的方向倾斜设置有固定板，固定板的顶部固定设置有固定圆盘，固定圆盘上分别固定设置有转动柱，以及四个下磁铁，下磁铁以转动柱为中心均匀分布在转动柱的一周，转动柱上转动安装有用于安装样品的安装板，安装板上安装有四个上磁铁，上磁铁以转动柱为中心均匀分布在转动柱的一周，上磁铁和下磁铁相对的侧壁上磁性相反。本申请相比于一半的吹拂方式有更好的清洁效果，减少了AFM分析过程中，样品表面粉尘颗粒吸附黏着在AFM上的探针上，造成分析结果失真。