本实用新型公开了一种自行式生物安全实验室的通风管路系统，属于医学检测实验室技术领域。该系统包括客厢式车本体，客厢式车本体包括：实验间和通风设备间，实验间设置在客厢式车本体内，实验间包括顺次设置且相互密封独立设置的试剂准备间、标本制备间和扩增分析间，通风设备间内分别设有向试剂准备间通入或排出空气用的第一新风系统、向标本制备间通入或排出空气用的第二新风系统和向扩增分析间通入或排出空气用的第三新风系统。试剂准备间、标本制备间、扩增分析间和第二缓冲间分别通过各自独立设置的新风系统进行独立进风和排风，有效的保证各分区间不会出现交叉感染，且保证各功能间送风和排风可单独控制压力等，节省能源。