本实用新型公开了一种高产双孢蘑菇菌种选育系统，包括电机、转轴、连接杆、转盘、观察台、高度检测装置和放大镜，电机的输出端上焊接有转轴，转轴的顶端焊接有三个连接杆，连接杆的外端焊接有转盘，转盘上均匀开设有若干放置孔，转盘的下方设置有观察台，观察台上设置有高度检测装置，观察台上固定有支撑板，支撑板的正面贴固有铁片，铁片上固定有测量板，测量板的顶端设置有放大镜。有益效果：有利于挑中体型较大的双孢蘑菇菌种，同时便于对双孢蘑菇菌体进行细致化的分析，提高选育精度，利用电机驱动转盘转动，能够让双孢蘑菇菌种从测量板的下方转过，在测量后即可进行下料和上料，有利于快速，循环上下料，大大提高选育效率。