本实用新型涉及一种植物绿肥的生产系统，包括依次连接的打浆机、混料罐、发酵罐和过滤机，还包括微生物菌培养槽，所述混料罐设有混料罐第二进料口，所述微生物菌培养槽的出料口连接所述混料罐第二进料口，所述生产系统还包括颗粒肥加工子系统、粉状肥加工子系统和灌装机，所述颗粒肥加工子系统和所述粉状肥加工子系统并联连接所述过滤机的固相出口，所述过滤机的固相出口设有固相分流切换阀门，所述灌装机的进料口连接所述过滤机的液相出口。本实用新型能够以高蛋白植物为原料生产富含高蛋白、高氨基酸的肥料，且肥料中不含有杂菌，取代化肥使用有利于改良土壤，使土壤变得松软、提高肥力、降低重金属及有害物质含量，提高农作物的产量和品质。