本实用新型公开了一种全自动生化分析仪的搅拌机构，包括设有搅拌部件的固定座，还包括设置在固定座下方的用于安装搅拌杆的安装机构，所述固定座下方设置的倒“T”型的输出轴被安装在固定座中的驱动电机驱动，所述输出轴上开设有用于定位杆贯穿连接的定位槽，所述定位杆固定在圆台的上表面；该全自动生化分析仪的搅拌机构，通过将搅拌杆安装在圆台中，再将圆台与固定座进行连接的方式对搅拌杆进行安装，搅拌杆与圆台之间不需要使用到螺丝等部件进行固定，区别于现有技术中需要将搅拌杆通过螺丝与电机轴进行连接的方式，此种对搅拌杆的安装结构和使用方式，使得搅拌杆的更换更为方便，实用性更好。