本公开提供一种细胞筛选芯片及细胞筛选系统，涉及生物检测技术领域，用于解决目标细胞的捕捉率低的技术问题。该细胞筛选芯片的芯片本体设有进液沟槽，沿进液沟槽的导流方向，进液沟槽的末端封闭，进液沟槽的两侧各设一出液沟槽，进液沟槽与每个出液沟槽间设有筛选阵列；筛选阵列的每个筛选单元包括容置腔和筛选通道，进液沟槽、容置腔、筛选通道和出液沟槽依次连通；目标细胞的直径大于筛选通道的宽度且小于容置腔的宽度；两个筛选阵列中的一个筛选阵列中的容置腔的入口端与另一个筛选阵列中的容置腔的入口端错位设置，进液沟槽交错分流，目标细胞每次流经一个容置腔，受到一个方向的侧向流速影响，降低错过容置腔的概率，提高捕捉率。