本申请公开了一种燃油过滤系统，涉及燃油处理的技术领域，本申请的燃油过滤系统，包括燃油管、储存装置、油水分离装置、燃油粗滤器、燃油精滤器和喷油装置，其中，储存装置具有第一储存出油口、第二储存出油口和储存进油口；油水分离装置具有油水分离进油口和油水分离出油口，油水分离装置与储存装置连接；燃油粗滤器与油水分离装置连接；燃油精滤器与燃油粗滤器连接；喷油装置与燃油精滤器连接。本申请通过油水分离装置和燃油粗滤器两级过滤燃油中的水分，通过燃油粗滤器和燃油精滤器两级过滤燃油中的杂质，故本申请具有保护喷油装置的零件免受腐蚀损伤，保护喷油装置的零件免受磨损和堵塞损伤的优点。