本实用新型公开了一种蛋白纯化系统柱温箱控温系统，包括箱体和层析柱，所述层析柱通过支撑机构安装在箱体内，箱体一侧活动连接有设备保温外罩，箱体底端安装有制冷模块；制冷模块底端设有底端接口，底端接口向上延伸至制冷模块顶端，箱体内壁一侧安装有温度传感器，温度传感器信号连接至制冷模块的控制器。本实用新型通过设置有一系列的结构，使得该蛋白纯化系统柱温箱控温系统，可形成一个较密封的空间，对层析柱进行制冷的同时，实现保温和温控效果，对纯化过程的蛋白起保护作用，保证分离过程的稳定性，并方便对层析柱进行固定安装。