本实用新型提供了一种汽车双电池控制器，包括基座，基座上设有的第一和第二接线部，第一和第二接线部分别包括两个用于连接主电池与副电池的接线位；基座内部包括电路模块，电路模块包括采样单元，控制单元和开关选择单元，采样单元用于采集主电池电压，控制单元用于基于主电池电压向开关选择单元的控制端发出控制信号，开关选择单元的输入和输出端分别耦接主电池和副电池，用于根据所述控制信号进行动作，以控制主电池与副电池进行并联连接或断开；还提供了一种汽车双电池电源系统，本实用新型的汽车双电池控制器，采用低功耗的磁保持继电器，耗电量少，控制器自身功耗低，系统结构可靠，拆装接线方便。