一种生物燃料生产车间中加氢处理和异构化的预处理方法，其特征在于，所述方法通过由有机进料组成的供应原料实现，所述有机进料包括二次原料例如煎炸油、第1类动物脂肪、残油或由甘油单酯、甘油二酯、甘油三酯和游离脂肪酸组成的副产品，将所述供应原料添加到由甘油单酯、甘油二酯和甘油三酯的混合物组成的不含杂质的且从酯化单元输出的循环流中，所述方法利用过量水的水解进行，在受控的压力和温度条件下，从而使原料部分或全部转化为甘油和脂肪酸，引入水解方法的过量水作为以离子形式存在的各种性质杂质的溶剂，从而去除所述供应原料中存在的大部分重金属以及氯化物。