本发明公开了一种用于确定与两个突变的序列读段衍生自包含突变的相同序列的概率相关的量度的计算机实现的方法。该方法包括：接收突变的序列读段，与不包含突变的序列相比，每个突变的序列读段对应于包含突变的序列的亚序列；将公共极小函数应用于每个突变的序列读段，以为每个突变的序列读段确定极小元；确定每个突变的序列读段中的该一个或多个极小元的位置；确定每个突变的序列读段中突变的位置；以及对于具有公共极小元的至少两个突变的序列读段，当比对所述相应的极小元时，对具有匹配位置和/或具有错配位置的突变的数量计数。本发明还公开了一种用于确定至少一个靶模板核酸分子的序列的至少一部分的对应方法。