本发明公开了一种混合动力轨道车辆及其直流母线电压控制方法与系统，通过速度调节直流斩波器输出端的目标电压，从而调节后端储能电源的实时电压/能量，由于后端储能电源与直流母线直接并联，因此调节直流母线电压相当于调节后端储能电源的实时电压/能量。当车辆处于高速牵引工况时，控制后端储能电源的电压/能量处于较低值，在整车进入再生制动工况时，后端储能电源可以吸收更多的再生制动能量，提高了再生制动能量的吸收率和利用率；当车辆处于低速牵引工况时，控制后端储能电源的电压/能量处于较高值，在整车进入再生制动工况时，由于低速下再生制动能量相对高速时较少，因此后端储能电源仍然可以吸收再生制动能量。