本发明公开了一种湿法炼锌净化除钴过程入口铜离子浓度估计方法及系统，通过根据除铜过程动力学原理与物料平衡原理，建立第一模型，基于第一模型，根据停留时间分布关系，建立第二模型，建立除钴过程的KPLS模型以及基于第一模型、第二模型以及KPLS模型，建立除钴过程入口铜离子浓度估计模型，并基于除钴过程入口铜离子浓度估计模型获得除钴过程入口铜离子浓度估计值，解决了现有湿法炼锌净化除钴过程入口铜离子浓度检测精度低的技术问题，充分考虑到除铜过程和除钴过程的铜离子浓度动态变化，不仅能实时在线检测除钴过程入口铜离子浓度，且检测精度高，为除钴过程的优化控制提供指导。