本发明公开了一种复合增压系统的控制方法及装置，涉及动力系统技术领域，应用于复合增压系统中的控制器算法设计，包括：根据发动机的当前运行参数，确定发动机的目标空燃比；获取发动机的当前进气压力，并根据发动机的目标空燃比，确定发动机的目标进气压力；确定目标进气压力与发动机的当前进气压力的差值；根据目标进气压力与当前进气压力的差值，确定第一阈值和第二阈值；根据第一阈值、第二阈值以及该差值，向旁通阀和电动增压器输出控制信号，使发动机的当前进气压力达到目标进气压力。本申请提高复合增压动态响应性，并可消除电动增压器突然切入、切出时发动机进气压力波动所导致的发动机扭矩波动问题，从而有效提高发动机的性能。