本发明公开了一种多舱段航天器上行数据生成与控制系统及方法，该系统包括：多舱段航天器上行数据调度器、第一航天器指令发送器以及第二航天器数据生成器，其中，第一航天器和第二航天器形成组合体，所述第一航天器和第二航天器通过总线进行数据传输；所述第一航天器指令发送器，用于在接收到总线代传指令链发送通知时，将所述中间态上行数据文件以及所述第一代传发送指令链组帧发送给所述第一航天器，以使所述第一航天器根据所述第一代传发送指令链将所述中间态上行数据文件发送给所述第二航天器。本发明实现了在多舱段航天器的组合状态、代传方式以及地面站跟踪航天器不断变化的情况下灵活的向各航天器发送数据。