本发明公开了一种杂交水稻种子的制种方法，包括以下步骤：步骤1：选择高活力制种区域进行杂交水稻制种；步骤2：利用专用喷雾器在花期喷施植物生长调节剂，喷施量为600g/hm2；授粉，并缩短授粉天数，控制授粉天数为3‑5天；步骤3：授粉结束后，利用专用喷雾器喷施活力优化剂；步骤4:在授粉完成后15‑20天期间内进行收获；其中，步骤2和步骤3中的专用喷雾器包括盛水箱、设于所述盛水箱上部的加水口、背负带、动力仓、控制组件、增压组件、释压组件和喷洒组件；本发明设置了通过增加父母本行比提高集中接受花粉的颖花量，进而提高种子的成熟整齐度和活力水平；同时提出了一种专用喷雾器，可以使药液的盘喷洒量变的可控，提高人为操控对种子培育造成影响。