本发明公开了一种一种可自由配置的海洋浮标数据采集控制器及配置方法，包括：相互通信的采集单元和控制单元，所述采集单元与上位机通信；采集单元包括微处理器以及分别与微处理器连接的若干测量通道；所述控制单元包括处理器以及分别与处理器连接的若干通信串口；采集单元被配置为接收上位机通过可视化图形界面方式配置的各测量通道和通信串口的配置信息，基于各测量通道的配置信息对各测量通道进行配置；控制单元被配置为接收采集单元发送的串口配置信息，以实现对各通信串口类型的配置。本发明有益效果：本发明不再将每个通道接口固化在底层代码中，而是采用可视化的界面LabVIEW进行配置，配置过程简单，无需修改底层代码，提高了接口的通用性。