本发明公开了一种海盐大头菜雄性不育系选育的方法。所述方法包括雄性不育系不育源的选择、不育源转育中间载体的利用、海盐大头菜农家品种的选择与纯化、海盐大头菜雄性不育系的回交选育四个环节。该方法中不育源来自于甘蓝型油菜ogu胞质雄性不育系，回交转育亲本为海盐大头菜提纯株系，并选用野生型芥菜品种作为中间载体。通过本技术方案提供的方法，能够有效克服直接用海盐大头菜与甘蓝型油菜不育系杂交存在的花期不遇及杂交不亲和的问题，且选育的不育系不育性彻底，花器官发育良好，蜜腺发育正常。该方法选育得到的海盐大头菜雄性不育系的应用，制繁种结实率高，杂种优势明显，为后续开展海盐大头菜优质杂交种的选育和利用有重要意义。