本发明属于分子生物育种技术领域，公开了一种紫色叶水稻两系不育系及其选育方法与应用。本发明紫色叶水稻两系不育系由水稻紫色叶性状基因DFR和plr4的分子标记辅助选育，其与绿叶稻的杂种F₁及其自交产生的植株在秧苗期乃至整个生长发育过程均呈现叶色差异，杂种F₁植株表现为绿叶，而自交系产生的植株则表现为紫叶，可应用于杂交水稻育种中种子纯度的鉴定、辅助去杂或自动排假。本发明方法可缩短育种年限，提高选育的精准性，减小育种群体，降低育种成本，克服了现有带紫叶标记的不育系采用的传统育种方法存在选育进程较长且缺乏相对的精准性，需要构建较大的育种群体，育种成本高等缺点，为两系杂交水稻繁制种中的排假除杂提供便利高效的方法。