本发明涉及一种耐高温改性沥青防水卷材的制备方法及其防水卷材，涉及防水卷材制备技术领域。所述方法包括将沥青加入高速剪切机加热以使沥青完全融化，将改性剂加入高速剪切机升温且启动电机和超声震动器以使搅拌桨搅拌和振动混合物料，获得耐高温改性沥青后加入至螺杆挤出机，加入稳定剂熔融挤出，获得稳定的耐高温改性沥青后按照底膜层、下改性沥青层、下隔离层、胎基层、上隔离层以及上改性沥青层依次在涂布机上涂布，获得耐高温改性沥青防水卷材，通过在所述中控处理器中标准分散度系数范围、标准相容性系数范围以及标准粘度范围，并根据实际值是否均在范围内判定改性沥青是否达标，提高了制得的防水卷材的品质。