本发明涉及一种多层复合防水卷材及其制备方法。属于防水材料技术领域，该多层复合防水卷材包括压力层和与压力层呈层叠设置的自愈层；其中，压力层包括膨润土复合橡胶和吸水树脂；自愈层包括封装材料和被封装材料；被封装材料包括非固化沥青防水材料和渗透结晶防水微胶囊；渗透结晶防水微胶囊具有核壳结构，壳层材料为水溶性聚合物，核体材料为水泥基防水修复材料。当水流至卷材处，压力层吸水膨胀，挤压自愈层，自愈层中的胶质材料流向卷材破损处，封堵卷材的缺口，且自愈层中包埋的渗透结晶防水微胶囊可随着水流进入混凝土裂缝，提高防水效果。压力层脱水后回缩，可避免持续挤压自愈层，在下次遇水后重新膨胀，使卷材具有持续的愈合能力。