本发明公开了一种加氢站的热管理系统以及热管理控制方法，属于加氢站设备技术领域。本发明的一种加氢站的热管理系统，包括温度传感器一、温度传感器二、冷却液体泵、工业制冷机、热管理控制器。所述热管理控制器设有芯片，其能够根据温度传感器一和/或温度传感器二的温度数据，控制冷却液体泵的转速和工业制冷机的制冷功率，以控制压缩机和减压阀出口处氢气的温度。本发明经过不断探索以及试验，设置用于外供氢加氢站的热管理系统，可以对压缩机出口和减压阀出口的氢气温度进行精准集成控制。本发明仅需一套冷却液体泵和工业制冷机，即可实现氢气压缩和高压氢气减压的双重冷却设置，有效降低了加氢站热管理的能耗和成本。