本申请适用于磁悬浮轴承技术领域，提供一种磁悬浮轴承及其控制方法和系统，通过对执行器的输入电流进行采样，获得采样电流数据；获取采样电流数据的电流最大分量谐波频率；当电流最大分量谐波频率大于预设起始频率时，对转子的位移进行采样，获得采样位移；获取采样位移数据的位移最大分量谐波频率；根据电流最大分量谐波频率和位移最大分量谐波频率，获得谐波抑制频率；通过自适应平衡算法根据谐波抑制频率，获得前馈补偿量；根据前馈补偿量对执行器的输入电流进行补偿，以驱动转子，可以抑制执行器的输入电流中与转子的转速同频的电流分量，减小功率放大器的输出电流，减小功率放大器的电流应力和输出损耗，使转子绕自身的惯性主轴旋转，减小转子位移的同步振动，维持控制系统的稳定性。