本发明公开了一种磁悬浮系统的控制装置、磁悬浮系统及其磁悬浮系统的控制方法，该装置包括：确定磁悬浮系统在当前工况下的轴向工作电流的允许最大波动电流平均值；获取第一轴向轴承的线圈电流和第二轴向轴承的线圈电流，将第一轴向轴承的线圈电流记为第一电流，将第二轴向轴承的线圈电流记为第二电流；确定第一电流与第二电流的差值，并将第一电流与第二电流的差值记为第一轴向轴承和第二轴向轴承的工作电流差值；根据工作电流差值与允许最大波动电流平均值、以及第一电流与第二电流，对止推盘两侧的第一轴向轴承和第二轴向轴承的轴向力进行平衡控制。该方案，通过对轴向轴承的控制进行位移补偿，可有效避免止推盘两侧轴向轴承的轴向力不平衡。