本发明提供一种磁悬浮轨道交通运行控制方法及控制系统，包括：实时获取磁悬浮列车位置信息；在所述磁悬浮列车位置信息满足预设动作条件时，确定每一道岔电机对应的目标移动位置；控制每一道岔电机按对应的预设移动速度移动，其中，在道岔电机移动过程中，基于每一道岔电机的实际移动量和理论移动量，对每一道岔电机对应的预设移动速度进行补偿，直至每一道岔电机移动至对应的目标移动位置。本发明的磁悬浮轨道交通运行控制方法在道岔换线过程中，协同控制每一道岔电机，对每一道岔电机的速度进行补偿，消除多个电机在移动过程中的累积误差，防止道岔由于局部应力集中而变形、破损、断裂，提高轨道的使用寿命和磁悬浮轨道交通的运行安全性。