本发明提供了一种基于自适应神经网络的磁悬浮列车运行控制方法。该方法包括：设计磁悬浮列车的动力学模型，根据磁悬浮列车的动力学模型利用分数阶滑模自适应算法产生牵引力或制动力，控制列车运行；设计分数阶滑模自适应神经网络控制器，分数阶滑模自适应神经网络控制器根据列车运行误差信息计算出列车的运行阻力；根据列车的运行阻力产生相应的补偿控制力，利用补偿控制力调整控制列车的运行。本发明利用分数阶滑模自适应算法产生牵引或制动力控制列车运行，基于神经网络估计并补偿列车运行中受到的各项阻力，本发明提出的运行控制算法有效提高了磁悬浮列车的位置与速度控制性能。