本发明实施例公开了一种山地轨道交通列车的运行控制系统、控制方法和装备。通过该山地轨道交通列车的运行控制系统，可以实现列车在第一区段与第二区段之间的轨道切换，且通过设置在进入过渡段之前，根据第一区段的牵引控制模式确定目标距离曲线，并设置运行模式控制模块按照目标距离曲线控制列车在进入过渡段起始点之前将速度降低至预设速度以下，使列车以预设速度以下的速度在过渡段均速运行并实现第一区段与第二区段之间轨道的自动切换，整个过程列车速度在安全防护要求下运行，且可实现不停车自动切换轨道，进而可以实现列车整体的运行控制。